Das Diakonische Werk Würzburg e.V. ist ein eingetragener Verein. Als solcher verfügt er über alle notwendigen Organe, die das Deutsche Vereinsrecht vorsieht (Mitgliederversammlung, Verwaltungsrat, Vorstand).
Seine eigentliche Tätigkeit verwirklicht der Verein über die Geschäftsstelle. Sie ist der wirtschaftlich maßgebliche Partner für alle Leistungen, die der Verein erbringt.